معاونت آموزشي دانشگاه انجام و نظارت كليه امور مرتبط با آموزش دانشگاه را عهده دار مي باشد كه عمده ترين وظايف بشرح ذيل مي باشد.
شرح وظايف و مسئوليتهاي معاون آموزشي
الف) اداره كليه امور آموزشي دانشگاه
ب) مطالعه و اتخاذ تصميم در مورد مسائل آموزشي با كمك مسئولان ذيربط
ج) نظارت بر اجراي مقررات و آئين نامه هاي آموزشي از طريق دفتر نظارت و سنجش دانشگاه
د) تدوين و پيشنهاد اصول اجرائي امور آموزشي
ه) نظارت بر حسن اجراي وظايف واحدهاي وابسته
و) تنظيم دستور جلسات شوراي آموزشي دانشگاه
ز) برنامه ريزي امور آموزشي با همكاري واحدهاي ذيربط
ح) نظارت بر حسن اجراي برنامه ها و فعاليتهاي آموزشي هر دانشكده و ارزيابي آن و ارائه گزارش لازم به هيأت رئيسه
ط) ارزيابي عملكرد آموزشي دانشجويان و اعضاي هيأت علمي و مديران آموزشي واحدهاي مختلف در هر نيمسال و انعكاس آن به رياست دانشگاه و اعلام نتيجه ارزيابي و اعضاي هيأت علمي
ي) اجراي دوره هاي كوتاه مدت آموزشي
ك ) تعيين و پيشنهاد شرايط ورود دانشجويان به دانشگاه
ل) انجام بررسيهاي لازم در زمينه تغيير يا توسعه برنامه هاي درسي و تطبيق برنامه ها به نيازهاي علمي پزشكي و اقتصادي
م) تهيه  پيشنهاد آئين نامه هاي لازم جهت امتحانات و پيشرفت كارهاي آموزشي دانشگاه
ت) برقراري ارتباط با ساير مؤسسات در داخل يا خارج از كشور به منظور انجام مبادلات علمي
حوزه معاونت آموزشي دانشگاه علوم پزشكي اصفهان با هدايت برنامه ريزي، نظارت، ارزشيابي ستادي از فعاليتهاي آموزشي دانشگاه به منظور هماهنگ سازي آموزش دانشگاه با ساير فعاليتهاي و نيازها جامعه و كشور فعاليت مي نمايد. اين حوزه با بهره مندي از تجربه طولاني فرهنگ سازماني مناسب و خبره در رقابت با ساير دانشگاههاي علوم پزشكي خدمات خود را به دانشجويان ( دوره هاي عمومي و تكميلي )، فارغ التحصيلان ( مشمولين آموزش مداوم)، واحدهاي تحت پوشش دانشگاه و ساير مؤسسات آموزش پزشكي و اعضاء هيأت علمي ارائه مي نمايد.
همچنين معاونت آموزشي دانشگاه با تلاش در جهت بكارگيري اصول مديريت كيفيت جامع و بهره آوري نوين در تسريع و كارآمد سازي فرآيندها و توسعه تحصيلات تكميلي سعي در جلب رضايت مي داشته و همت خود را براي پاسخ به نيازهاي ايشان مصروف مي دارد.
جهت اصلي حركت اين حوزه، هدايت فعاليتهاي آموزشي دانشگاه به سمت پاسخگوئي به نياز جامعه تربيت نيروي انساني ماهر براي ارتقاء سلامت است.